Ένα νέο εργαλείο, το MetaGraph, επιτρέπει την αναζήτηση σε μια πολύ μεγάλη βάση DNA και RNA, κάτι σαν την Google αλλά για το DNA. Η αλληλούχιση του DNA είναι μια πρακτική που έχει αλλάξει ριζικά τον τρόπο με τον οποίο γίνεται η έρευνα καθιστώντας δυνατή την αναγνώριση σπάνιων κληρονομικών διαταραχών σε ασθενείς όπως και μεταλλάξεων σε καρκινικά κύτταρα.
Από την άλλη πλευρά, την ίδια στιγμή, ολοένας και μεγαλύτερος αριθμός επιστημόνων μοιράζονται τα αποτελέσματα δημοσίως. Κάτι τέτοιο έχει οδηγήσει στη δημιουργία μεγάλων βάσεων δεδομένων όπως τα American SRA (Sequence Read Archive) και European ENA (European Nucleotide Archive) μετρώντας πάνω από 100PB πληροφορίας.
Και ακριβώς αυτό είναι το πρόβλημα. Η αναζήτηση εντός αυτής της μεγάλης βάσης δημόσιων δεδομένων απαιτεί πλήθος πόρων που καθιστά την ανάλυση σχεδόν αδύνατη. Ερευνητές του ETH Zurich έχουν ωστόσο την απάντηση.
Η Google του DNA – Τι είναι το MetaGraph
Πιο συγκεκριμένα, οι ερευνητές ανέπτυξαν ένα ψηφιακό εργαλείο, το MetaGraph το οποίο αναζητά στα raw δεδομένα των DNA και RNA που είναι αποθηκευμένα σε μεγάλες βάσεις δεδομένων, όπως ακριβώς θα έκανε και μια απλή μηχανή αναζήτησης. Είναι κάτι σαν την Google αλλά για το DNA αναφέρει ο καθηγητής Gunnar Rätsch, data scientist στο Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών του ETH Ζυρίχης.
Σε έρευνα που δημοσιεύθηκε στις 8 Οκτωβρίου στο περιοδικό Nature οι ερευνητές δείχνουν πως λειτουργεί το εργαλείο: συγκεκριμένα, ευρετηριάζει τα δεδομένα και τα παρουσιάζει σε συμπιεσμένη μορφή. Κάτι τέτοιο επιτυγχάνεται μέσω σύνθετων μαθηματικών γραφημάτων που βελτιώνουν την δομή των δεδομένων, όπως λειτουργεί το Excel αναφέρουν οι επιστήμονες.
Το εργαλείο είναι διαθέσιμο εδώ
